隨著國家生技園區即將啟用，未來將湧入大量人潮、車潮，為了避免南港交通擁塞程度成為「內湖第二」，台北市長柯文哲今前往南港視察時透露，有意斥資8億元從南港興中路打條隧道通往生技園區，縮短路程，不過由於環評問題卡關，怎麼降低環境衝擊還要再研議。
北市南港區中南里長詹坤隆表示，指過去市政規劃不好，整個南港火車站僅有3、4個車位可供上下車，但如今隨著南港地區發展起來，車子只會來越多，但卻沒有地方上下車，導致交通擁塞，盼可以改善。
此外，也有里長反映，國家生技園區即將在明年開通，但如果車輛要到生技園區，得走研究路的巷子，不僅會經過住宅區，且因路幅狹小，屆時會很容易塞車。
對於當地里長的反映，柯文哲表示，未來北部流行音樂中心、國家生技園區完工啟用後，南港車站的地面層臨時停車確實是個問題，回去後要再重新規畫設計。
至於國家生技園區的交通問題，柯文哲說，自己認為隧道應該要做，8億元預算也早就編好，北市府也多次和中研院有討論過，只是過去因為環評問題一直卡住，怎麼樣在環境影響、交通便利間取得平衡，如何減少環境衝擊，是未來要思考的問題。